En la zona de las sierras nacen gran cantidad de arroyos que alimentan los ríos Conlara y Quinto, estos son de carácter endorreico al ser absorbidos por la tierra a medida que avanzan por la llanura sedimentaria. Sólo el Quinto alcanza a desaguar en el río Salado en época de grandes crecidas.

Rio Conlara: Es un curso de agua del noroeste Tiene sus orígenes en el centro-este de las Sierras de San Luis y recorre gran parte de sus 180 km de longitud, en dirección de norte a sur.

Luego de atravesar Paso Grande se orienta hacia el este, para luego girar al norte, corriendo paralelamente a las sierras de San Luis. Recorre el valle que lleva su mismo nombre entre las Sierra Comechingones al este y Sierras de San Luis al oeste con un marcado desnivel de sur a norte causado por la influencia del volcán El Morro, ubicado a unos 45 km al norte de Villa Mercedes.

En su curso medio recibe las aguas de los arroyos Los Molles y Piedras Bayas que confluyen en el Embalse San Felipe, unos 11 km al sur de la localidad de Renca.

Luego de allí corre hacia el norte siguiendo una línea de falla, atravesando Renca, Tilisarao, San Pablo, Concarán la capital del Departamento Chacabuco, la cual tiene muchos canales cuyas aguas provienen del Río Conlara, Santa Rosa y parajes menores para concluir en los Bañados de Las Cañadas donde sus aguas pasan a ser subterráneas.

En su curso final forma el límite entre las provincias de San Luis y Córdoba. Posee como afluentes a los arroyos Luluara y Chuntusa.

Río Quinto: Es un río de carácter endorreico de la República Argentina, que recorre el centro de la provincia de San Luis y el sur de la provincia de Córdoba, conocido además como Popopis. Su naciente se puede establecer en dos puntos diferentes, según el criterio que se utilice: según el criterio de la vertiente más caudalosa, nace de los manantiales ubicados en los faldeos meridionales del cerro Retama, montaña de 2214 metros de altura sobre el nivel del mar, ubicado en la Sierras de San Luis. 

Tras orillar Villa Mercedes, donde el ancho de su cauce es de 45 metros, el río Quinto pasa a orillas de Villa Reynolds y Justo Daract; a unos 10 km de esta última, ingresa en el sur de la provincia de Córdoba y prosigue hasta alcanzar una depresión geomorfológica en donde forma humedales y lagunas, conocidos como Bañados de la tierra, antiguamente "laguna Amarga". Es en esta zona donde durante períodos de escasa pluviosidad, este río se subsume, desapareciendo superficialmente.

Sin embargo, durante los períodos húmedos, el río Quinto sobrepasa ampliamente los Bañados de la Amarga, y a través de un cauce poco preciso toma dos direcciones o "brazos". La primera es la Noreste o "Brazo Norte" que aporta sus aguas al Bañado del Destino en los límites de las provincias de Córdoba y Santa Fe. Mucho más importante es el brazo que toma la dirección sur pasando por las localidades cordobesas de Jovita e Italó e ingresando en la provincia de Buenos Aires en las cercanías de Banderaló, anegando los territorios próximos a las ciudades de General Villegas, América, y Trenque Lauquen.

Varios de estos ríos y arroyos son aprovechados con embalses para generar energía hidroeléctrica, regular sus caudales y generar agua para riego y consumo humano.

Sin embargo, es una provincia en la cual varias localidades se ven afectadas por las sequías que suceden en varios meses del año por lo cual se debe tener extrema cautela en el uso del agua, muchas veces se encuentran en «Emergencia Hídrica» lo cual no permite el malgasto del agua, sino que se prioriza para uso personal.

La longitud del tramo del río Quinto cuando sólo forma una cuenca endorreica es de unos 375 km, en cambio cuando llega a confluir con el río Salado alcanza una longitud de aproximadamente 878 km.

El nombre ordinal "Quinto" proviene del hecho de que fue el quinto río importante que encontraron los conquistadores que avanzaron hacia el Sur desde la ciudad de Córdoba.

Río Desaguadero: Es un río del oeste de Argentina. Posee una longitud de unos 1498 km, constituyendo el tramo medio de su curso el límite entre las provincias de San Luis y Mendoza. Recibe diversos nombres locales a lo largo de su curso, siendo su tramo más importante el que recibe localmente la denominación «Desaguadero».

Nace en la ladera sur del cerro del Nacimiento del Bonete, esto es en el noroeste de la provincia de La Rioja casi en la línea interprovincial con Catamarca y a una altitud de unos 5500 msnm, en la cordillera Frontal que antecede a los Andes. En La Rioja su sección inicial recibe consecutivamente los nombres localistas de río de Oro, río Bonete, río Jagüé y —tras cruzar la Quebrada de la Troya— río Vinchina. Al ingresar a la provincia de San Juan cambia su nombre por el de río Bermejo; en esta provincia recibe los aportes de los pequeños ríos La Troya o Guandacol y Huaco. Más adelante, siempre siguiendo una dirección sur-sureste y recorriendo el este de la provincia de San Juan, incorpora el río Jáchal.

Al llegar a las cercanías de los actuales confines de las provincias de Mendoza, San Luis y San Juan ingresa en un área de hundimiento, en donde recibe las aguas del río San Juan —y a través de este del río Mendoza— y las aguas de ambos han formado el sistema de las lagunas de Guanacache, un humedal prácticamente desecado desde fines del siglo XIX. Tras superarlo, recibe el nombre de río Desaguadero. Forma entonces el límite entre las provincias de Mendoza y San Luis al ingresa en la provincia de La Pampa. En ese tramo recibe las aguas de los ríos Tunuyán y Diamante.

Río Nuevo: Es un curso fluvial de la provincia de San Luis, Argentina, que se formó en 1985 de forma repentina a raíz de los efectos de la deforestación, el cambio climático y el uso de agroquímicos en los campos.

La formación fue repentina, de la noche al día, sin que lloviera y en una zona donde no había existido ríos desde hacía más de 20.000 años hasta que en la década de 1980, entre las provincias argentinas de San Luis y Córdoba, se formaron hasta seis cauces nuevos, destacando por su gran tamaño el que fue bautizado como Río Nuevo, en el centro de San Luis.

Rio Curtiembre: En la localidad de San Francisco. Se accede por la Quebrada de López, a 7 Km de San Francisco. Este río como todos los de la región serrana tiene sus principales fuentes de alimentación en la sierra, en este caso, el río Curtiembre procede de los cerros de La Carolina. 
Río Quines: Este río divide al pueblo de Quines en las bandas este y oeste. Es el río más importante de todos los de la falda occidental de las Sierras de San Luis y tiene como principales tributarios al Grande, Las Chacras y Lagunas Largas. Al llegar a La Huertita, el río ha sido indicado y abastece a San Martín, usando sus aguas para riego de una vasta región en Quines y sus alrededores. Es muy caudaloso y su cauce es profundo en temporadas de lluvias. Su dirección es de sur a norte.

Cuencas y sub-cuencas

Sub-Cuenca del río Cañada de Vilance: se ubica al noroeste y sus dos ríos principales son el Amieva y el Sococora que nacen en las Sierras de San Luis. El río Cañada de Vilance capta la red de toda la cuenca y el resto del caudal alimenta cursos subterráneos.

Sub-Cuenca del río Bebedero: Se ubica en el centro - oeste y la forman los ríos Nogolí, Cuchi Corral, Los Molles y Volcán. El Bebedero y el Nogolí desembocan en la laguna del Bebedero, mientras los demás se escurren en suelos permeables. 

Cuenca del Río Quinto: Se ubica desde el centro de la provincia hacia el sudeste. Posee una amplia red de ríos que nacen en las Sierras de San Luis, como el Trapiche, Grande, Saladillo, Riocito, Cañada Honda y Rosario. Continúa llevando sus aguas hacia el sur de la Provincia de Córdoba. 

En el sur no hay río superficial ni arroyos permanentes, solamente hay un sistema de lagunas. Se dice que es un área arreica, es decir un área sin presencia de arroyos ni ríos. Es una característica de la pampa seca u occidental. Ante la falta de agua se aprovechan las numerosas lagunas y, sobretodo, el agua subterránea como aprovisionamiento. 

Diques 

Embalse La Florida fue inaugurado en 1953. Tiene una superficie de 650 Ha con una capacidad de 105 hm/3 tiene una profundidad de 37 Metros.

Embalse Potrero de Los Funes fue inaugurado en 1927. Tiene una superficie de 91 ha, con una capacidad de 6.80 hm/3 y una profundidad de 33 metros. 

Dique la Huertita fue inaugurado en 1981, con una superficie de 430 ha. Tiene una capacidad de 47.00 hm/3.

Dique Nogolí fue inaugurado en 2003, con una superficie de 170 ha. Tiene una capacidad de 25.00 hm/3. Tiene una profundidad de 50 metros. 

Dique Pasos de las Carretas fue inaugurado en 1982, con una superficie de 75 ha. Tiene una capacidad 105.00 hm/3. Tiene una profundidad de 40 Metros.

Dique Villa General Roca fue inaugurado en 1956, tiene una capacidad de 1.70 hm/3.

Dique Cruz de Piedra fue inaugurado 1941. Tiene una superficie de 154 ha con una capacidad de 12.50 hm/3. Con 29 metros de profundidad. 

Dique San Felipe fue inaugurado en 1941. Tiene una superficie de 1200 ha y una capacidad de 81hm/3.

Dique Antonio Esteban Agüero fue inaugurado en el año 2001. Tiene una superficie de 107 ha. Con una capacidad de 19.30 y una profundidad de 60 metros.

Dique Lujan fue inaugurado en el año 1958. Tiene una superficie de 27 ha, con una capacidad de 3.60 hm/3. Tiene una profundidad de 37 metros.

Dique Las Palmeras fue inaugurada en el año 2010. Tiene una superficie de 186 ha. Con una capacidad de 24.00 hm/3 y una profundidad de 50.8 metros.

Dique Saladillo fue inaugurado en el 2011. Tiene una superficie de 296 ha. Con una capacidad de 50hm/3 y tiene una profundidad de 79 metros. 

Dique la Sepultura/Piscu Yaco fue inaugura en el año 2010. Con una superficie de 17 ha. Con una capacidad de 1hm/3 y tiene 30 metros. 

Dique Nivelador Vulpiani fue inaugurado en 1909.

Dique Nivelador Chico fue inaugurado en 1887

Dique Boca del Rio fue inaugurado en el año 2012. Tiene una superficie de 138 ha. Con una capacidad de 8.54 hm/3 y tiene una profundidad de 35 metros.

Dique la estrechura fue inaugurado en el 2013. Tiene una superficie de 50.1 ha. Con una capacidad de 2.61 hm/3 y tiene una profundidad de 21 metros. 

Dique Berta Vidal de Battini fue inaugurado en el 2012. Tiene una superficie de 16 ha. Con una capacidad de 20hm/3 y tiene una profundidad de 42 metros.

Hay 2 diques que están en plan de construcción. Dique Paso Grande y Dique Quines.

Lagunas

Originalmente eran en total 25 lagunas intercomunicadas y con abundantes islas, estas lagunas se encontraban rodeadas de tierra fértil y abarcaban un área de unos 2500 km², desde fines de s. XIX y en la actualidad debido a la sobreexplotación de las aguas de los ríos Desaguadero, Mendoza y San Juan se han ido secando, apareciendo sólo en temporadas de grandes deshielos que acrecientan el caudal de los ríos que la alimentan.

Las lagunas de Guanacache o Huanacache conocidas también como Bañados de Guanacache, se ubican en el noreste de la provincia de Mendoza, al sudeste de la provincia de San Juan, y al noroeste de la provincia de San Luis, en el centro de la región argentina denominada Cuyo.

Este sistema palustre  se ubica en el centro de esta cuenca casi desecada durante el siglo XX, siendo su actual remanente permanente la laguna Silverio en la zona limítrofe entre la Provincia de Mendoza y la Provincia de San Luis. El de las lagunas de Guanacache corresponde a un sistema hidrológico exorreico, de lagunas y de bañados encadenados, alimentados por los ríos Mendoza y San Juan y, antiguamente, los desagües del Bermejo, que descarga por el río Desaguadero.

Laguna del Bebedero: La depresión actualmente ocupada por Salinas del Bebedero, tuvo mucha agua en diferentes oportunidades hasta inicios del siglo XX, formando un lago de diferentes dimensiones en cada oportunidad.