La zona se conoció anteriormente como los Altos de Chulupte habitada por indios Huarpes.

El pueblo surge en torno a la estación del ferrocarril a partir de 1883 cuando comienza a funcionar el servicio de trenes de San Luis a La Paz (Mendoza), cuya sección San Luis-La Paz fue librada al servicio público el 8 de agosto de 1883, y luego queda habilitado el 25 de abril de 1885.

El 9 de mayo de 1903 fue inaugurado el templo de Alto Pencoso, donado por los Sres. Nicolás Alagia y Pascual Cantisani, en cuya capilla se venera a San Nicolás de Bari, santo de la devoción de uno de los donantes del templo Don Nicolás Alagia. 

Toponimia

El pueblo surge en torno a la estación del ferrocarril a partir del año 1883, cuando comienza a funcionar el servicio de trenes de San Luis a la paz (Mendoza) este pueblo surgió antes que Balde y Chosmes. Se considera el día de fundación el 8 de agosto de 1883 día en el que comenzó a funcionar el ferrocarril. 

El 9 de mayo de 1903 fue inaugurado el templo de Alto Pencoso. Luego de llegar el tren se hace el trazado de la ruta nacional N° 7 y dio lugar al crecimiento del pueblo y se convirtió en un lugar de intercambio comercial. 

El nombre de Alto Pencoso, según investigaciones se debe a la abundancia de pencas y cactus.

Escuela General Juan Esteban Vacca

El general Vacca había nacido en san Luis en el año 1899. Al crecer fue incorporándose en el servicio militar. Llegando a reunirse con varios militares de países americanos. Él estuvo a cargo de la misión para detener el conflicto entre Paraguay y Bolivia que sucedió desde 1932 hasta 1935. Y una vez terminada allí su labor, fue condecorado por cinco países de América. 

En 1930 es nombrado agregado militar en Paraguay y durante el gobierno peronista en 1949 asumió como subsecretario de ejército. 

En 1951 es nominado precandidato a gobernador por su provincia. Finalmente ejerce el cargo de director de la escuela superior de guerra. 

Por todo esto se le nombra a la escuela de alto pencoso su nombre.

Producción

La actividad principal está ligada a la ganadería de carácter extensivo. los campos son de bajo rendimiento aptos para crías, salvo en invierno cuando los pastos escasean, es muy difícil conseguir agua por las pocas lluvias. 

Actividad económica

En los primeros años del pueblo trabajaban los almacenes de ramos generales de propiedad de Juan Divito y suc. De Nicolás Alagia. El tren posibilitó el transporte de máquinas en contenedores que estaban repletas de madera. A finales del siglo XIX se instalaron familias italianas y estos ayudaron al crecimiento del pueblo con nuevos negocios.